氨基柱是一款既可以正相使用，也可以反相使用，但是我們要注意到的是：正相溶劑和反相溶劑往往是不互溶的，正常情況新氨基柱出廠時保存在正相環(huán)境中。

　　1、由于新的氨基柱保存在正己烷-乙腈（99：1）中，與反相流動相是不互溶的，因此如果使用反相的方法，必須用至少10倍柱體積的異丙醇沖洗過渡（約2h，0.5mL/min），以除去正相保存溶液。過渡過程中注意因異丙醇粘度較大，會導(dǎo)致柱壓很高，適當(dāng)調(diào)低流速即可。

　　2、再用至少10倍柱體積95％水-5％乙腈（或甲醇）沖洗（不含緩沖鹽的流動相可省去）過渡，最后用流動相平衡。

　　3、用完后洗柱時，必須先用95％水沖洗至少10倍柱體積，除去所用緩沖鹽（不含緩沖鹽的流動相可省去）。然后保存于乙腈/水（80：20）溶液（一個月內(nèi)）中。長期不用的話，建議用異丙醇保存（一個月以上）。

　　4、新柱子一定要置換掉保存溶液，用異丙醇保存的柱子在使用前也需要花一定的時間給置換掉。

　　5、反相條件下使用時，要特別注意控制pH值范圍（根據(jù)你色譜柱耐受使用pH），pH值越低越有發(fā)生水解的危險，流動相中水的比例越高當(dāng)然也越有發(fā)生水解的危險。

　　6、還有一種情況是，當(dāng)使用氨基柱進(jìn)行酸性物質(zhì)的分析時，酸性物質(zhì)的存在意味著質(zhì)子的存在，可能會使略帶負(fù)電荷的氨基官能團(tuán)質(zhì)子化，導(dǎo)致使用一段時間后對于某些類的分析物保留性質(zhì)有所改變或表現(xiàn)在柱效下降。